Ban lãnh đạo
1. Viện trưởng : PGS.TS. Đỗ Quang Khải.
2. Phó Viện trưởng : TS. Trần Long Giang.
Các phòng ban
1. Phòng Nghiên Cứu Và chuyển Giao Công Nghệ
2. Phòng Dự Án
3. Phòng Điện – Điện tử
4. Phòng Kỹ thuật tàu thủy
5. Phòng Máy tàu biển
6. Phòng Kế toán